文昌鱼和武昌鱼的区别在于种类、外形、生活环境等。

种类：文昌鱼是文昌鱼科文昌鱼属动物的总称，是一种海水鱼；武昌鱼属于鲤形目鲤科鲌亚科的鲂属，是一种淡水鱼。

外形：文昌鱼的形状非常像小鱼，没有头部，身体的两端比较尖细，身体较扁，呈半透明的形状；武昌鱼的体形呈扁平状，背部的隆起比较明显，头和口比较小。

生活环境：文昌鱼是一种海水鱼，其主要生活在海里，在我国文昌鱼分布在河北东部、青岛、烟台、厦门、合浦等沿海；武昌鱼属于淡水鱼，生活在我国的河流、池塘等淡水流域之中，尤其在水草丰美、石块比较多的地方能看见它们。