上海交通大学生物医学工程学院成立于2011年4月8日，学院旨在对接国家重大需求及临床医学发展需要，重点建设生物医学仪器、神经科学工程、医学影像信息、生物纳米材料4个学科领域，致力于培养具有国际竞争力的生物医学工程领域高端研究、开发、管理人才。1979年上海交大建立了生物医学工程专业，是全国最早建立生物医学工程专业的大学之一。上海交大的生物医学工程专业是全国最优秀的生物医学工程专业之一：于2002年被评为国家重点学科；在2002、2007年、2012年国家一级学科评比中一直名列生物医学工程学科前三名。生物医学工程专业已是上海交大这一百年名校中一个“亮点”专业之一。2015年，上海交大生物医学工程专业成为上海交大入选“上海高峰高原学科”的四个专业之一。