南京农业大学食品科技学院渊源于1921年成立的东南大学农产制造门和1927年创办的中央大学农产制造系、食品工业系，1952年食品工业系与浙江大学农化系、江南大学食品系合并到南京工学院，保留的部分师资并入南京农学院农学系和园艺系。1985年学校在全国农业院校中率先成立了食品科学系，1996年扩系建院，成立了食品科技学院。

学院下设食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全3个系，2个院级教学实验中心，食品科学与工程、生物工程和食品质量与安全3个本科专业，拥有1个博士后流动站，1个农业部重点开放实验室，2个博士点，4个硕士点，7个校级研究室。