1、从生长环境区别：黄苦荞一般生长于海拔1500米以上的高寒山区，黑苦荞则是生长于海拔2500米以上的高寒山区。

2、从外观上区别：黄苦荞的外壳为黄灰色，黑苦荞的外壳为黑色。脱壳之后差别会变小，黑苦荞仅比黄苦荞稍黑。

3、从产量上区别：黄苦荞的产量较高，一般亩产在500斤左右，黑苦荞产量则较低，一般亩产在200斤左右。

4、从营养价值上区别：黑苦荞有“黑珍珠”之称，其生物类黄酮芦丁含量是黄苦荞的3至5倍，其他所含有的营养价值都比黄苦荞高。

5、从价格上区别：黑苦荞由于其产量少，营养价值高，导致价格也比黄苦荞高。