真菌通常又分为三类，即”酵母菌“、“霉菌”和“蕈菌”（大型真菌）。

酵母菌：是一些单细胞真菌，并非系统演化分类的单元。一种肉眼看不见的微小单细胞微生物，能将糖发酵成酒精和二氧化碳，分布于整个自然界，是一种典型的兼性厌氧微生物，在有氧和无氧条件下都能够存活，是一种天然发酵剂。

霉菌：是丝状真菌的俗称，意即"发霉的真菌"，它们往往能形成分枝繁茂的菌丝体，但又不象蘑菇那样产生大型的子实体。在潮湿温暖的地方，很多物品上长出一些肉眼可见的绒毛状、絮状或蛛网状的菌落，那就是霉菌。

蕈菌：英语中的mushroom是一个多义词，作为生物名称通常译作蘑菇，是指担子菌中的那些伞菌，特别是双孢菇中的白蘑菇。mushroom还有一个更广义的解释，指能形成大型肉质子实体的真菌，与macrofungi同义。