真菌菌丝是指大多数真菌的结构单位，是一种呈单条管状的细丝，构成真菌体的单位。单条管状细丝，为大多数真菌的结构单位，很多菌丝聚集在一起组成真菌的营养体，即菌丝体。菌丝一般分为两类，有隔菌丝和无隔菌丝。一些原核生物也有菌丝，如放线菌。但并不是所有的真菌都有菌丝，少数低等真菌是单细胞生物。