农村合作医疗异地住院报销流程如下：

1、带患者身份证、两张一寸彩色照片，新农合医疗证到县农村合作医疗管理办公室办理转诊备案手续。

2、出院后，凭患者本人身份证，新农合医疗证，病例复印件，住院结算单，住院费用清单，转诊备案手续到合作医疗管理办公室报销。

3、住院时一定要和医生说办了农保，这样才会办理相关手续，出院时要索要病历本，医药费清单等凭证，并妥善保管。