jr是日本国铁的简称，同时还运营新干线，和新干线相对的就叫做jr线路，地铁一般都是其他铁路公司运营的，比如东京Metro等。

jr，也就是所谓Japaneserailway的简称，属于国有资产，分为东日本jr和西日本jr，大阪的jr是西日本jr系统，用中国类比应该是火车或是城铁。

地铁，也就是subway，和国内的地铁意思一样，都是主要在地下或地上运营，一般都是各城市独立运营的，除东京地铁之外很少跨都县运营。东京地铁又分为东京地下铁和都营地下铁，分别是两家公司运营。