主任医师和副主任医师的区别在于：1、级别不同。主任医师是医生职称中的高水平别，属于正高级别；副主任医师，医生职称的一种，为副高级职称。2、晋升条件不同。注册成为医师满4年，可以考主治，获得职称满5年，有晋升副主任医师的资格，一般是评，要论文、课题等等，副主任医师满5年，有晋升主任医师的资格。3、薪资待遇不同，有资格晋升不代表一定能晋升，而且，晋升了不一定有相应待遇，有高职低聘一说。