清朝索尼为病逝，具体原因如下：

1、康熙帝即位之后，鳌拜日益嚣张跋扈与议政大臣苏克萨哈势不相容，索尼置身事外，称病不出。

2、在镶黄旗与正白旗圈换土地问题上鳌拜与苏克萨哈的矛盾势同水火，鳌拜有意压正白旗，坚持两旗土地对换直隶总督朱昌祚巡抚王登联也持反对意见，鳌拜大怒，即以此事，谋兴大狱，下刑部议罪，必欲置之于死地，年已十三岁的康熙帝召四辅臣询问，属两黄旗的索尼，遏必隆对鳌拜坚奏苏纳海等应置重典一事不表示反对，康熙帝辅臣意见分歧，批准。鳌拜不考虑康熙帝意旨，假借皇帝名义，将苏纳海、朱昌祚、王登联三人处死，索尼对苏厌恶之感对鳌拜专权亦有不满。

3、康熙六年三月索尼上书请求康熙帝亲政，康熙帝无回应，而下诏褒奖索尼忠心为国，加授一等公，与前授一等伯世袭。索尼力辞，康熙帝没有准许，同年六月，索尼病逝，谥号文忠。