工业工程系成立于2001年10月11日，特聘美国工程院院士、美国普渡大学工业工程系萨文迪教授出任首届系主任和讲席教授。现任系主任为申作军教授，全系现有教师队伍共40余人。工业工程系的立系宗旨是：“在教育与研究方面建成世界一流的工业工程系，致力于提高中国和世界的生产力、提高人民的生活质量与生活水平。”经过近几年的建设，清华大学工业工程系从无到有，获得了长足的发展。本着高起点、高水平、开放式的办学方针，在人才培养方面、尤其是本科人才培养方面取得了丰硕的成果，在国内同行奠定了领先的地位。