企业所得税申请退税的方法如下：

1、办理退税的纳税人需要报送涉税管理系统要求的相关资料，税收电子转帐专用完税证的原件及复印件。如纳税人没有税收电子转帐专用完税证，可凭银行电子缴税回单原件前往办税窗口换得。

2、个体工商户在报送退税资料时，必须另附银行存折的首页复印件，即有开户名称和银行帐号的复印件。

3、纳税人提交的复印件材料必须加盖单位公章。