吴兴区下辖5个镇：织里镇、八里店镇、妙西镇、埭溪镇、东林镇，1个乡：道场乡，13个街道：月河街道、朝阳街道、爱山街道、飞英街道、龙泉街道、环渚街道、湖东街道、康山街道、凤凰街道、龙溪街道、仁皇山街道、杨家埠街道、滨湖街道。

吴兴区境内以分割破碎的低山、丘陵以及广阔平原为基本特色。地势自西南向东北倾斜，低山丘陵以及盆地主要分布在西南部，由天目山东支延伸到市郊的埭溪、妙西一带而形成。东北部为湖沼型沉积平原，地势低洼，平均海拔约3.5米。河网密布，湖塘众多，地下水位很高。由于人类长期活动的结果，原始地形已受到改变，河岸修筑了高出地面1.0-3.0米的河堤，从而构成了特殊的地貌景观。