想要清理金刚菩提，首先将金刚菩提浸泡在温水中30～50分钟，以软化果肉。接着用钢丝刷、鬃毛刷、钓鱼线工具一颗一颗的去刷，每颗至少刷半小时。待清理完毕，最后将金刚菩提放置在阴凉处阴干，大概三天时间。

割开金刚菩提手串上的绳索，将金刚菩提一颗颗地浸泡在温水中，时间30～50分钟，这一步的目的是软化果皮、果肉，便于后续操作。

准备钢丝刷、鬃毛刷、钓鱼线，大颗的金刚菩提可以一颗一颗的去刷，每颗时间至少半小时，小颗的金刚菩提可以用钓鱼线穿上后，再一颗一颗的去刷。

清理干净的金刚菩提，先用干毛巾或纸巾吸走多余水分后，放在阴凉、无风、干燥的地方阴干，这个时间大概在三天左右。