蛋白质二级结构分为纤维蛋白，角蛋白和胶原三种。在蛋白质中，特别是球蛋白中，蛋白质不只是有二级结构，经常可以看到由若干相邻的二级结构单元（即α螺旋、β折叠和β转角等）组合在一起，彼此相互作用。

蛋白质分子的二级结构通常是指蛋白质多肽链沿主链骨架方向的空间走向、规则性循环式排列，或某一段肽链的局部空间结构，即蛋白质的二级结构为肽链主链或一段肽链主链骨架原子的相对空间盘绕、折叠位置，它并不涉及氨基酸残基侧链的构象。