碱基配对方式有两种。A-T、C-G，这个是配对原则。在DNA分子中发生碱基互补配对，只能是在DNA复制或者重组或者修复这3个特定时期。共同特点是利用模板链的信息补充互补链的信息。

碱基是指嘌呤和嘧啶的衍生物，是核酸、核苷、核苷酸的成分。DNA和RNA的主要碱基略有不同，其重要区别是:胸腺嘧啶是DNA的主要嘧啶碱，在RNA中极少见;相反，尿嘧啶是RNA的主要嘧啶碱，在DNA中则是稀有的。