《盗墓笔记》中十一号仓库的秘密并未明说，只知道十一号仓库是老九门存放东西的地点，有很多密室，保存了大量物品，比如张大佛爷和尹新月的尸体、齐羽、三叔、潘子的遗物、张大佛爷门口的大佛等等。

十一号仓库历史悠久，一直由老九门的和事佬掌管，现在老九门中充当和事佬角色的人是二叔吴二白，老九门中的***都靠吴二白调解，大家都不敢惹吴二白，十一号仓库也由吴二白管理。

但只要是老九门的人都可以将东西存放到十一号仓库，每个人都有具特色的的编码，存放物体会根据物品主人的编码分区域摆放，活人和死人以及其他物品都可以存放。

张大佛爷死后，将自己和妻子尹新月的尸体以及自己生前门口的大佛都寄存到十一号仓库，一直保留到现在。而三叔“失踪”后带着齐羽躲在十一号仓库中。

十一号仓库有很多秘密，吴二白极少过问这些事情，只要东西不出乱子就可以了，吴邪对十一号仓库了解不多，也没想到三叔会藏到十一号仓库，原著小说大结局中并未提及吴邪去十一号仓库的事情（原著小说作者南派三叔放弃了很多自己挖下的坑，所以很多事情没有进行解密）。