哈尔滨工程大学自动化学院具有深厚的历史底蕴，是在原“哈军工”时期海军工程系的“海道测量”、“船舶电器自动化”、“武备自动化”和“导弹发射装置”4个专业的基础上发展起来的，从1953年“哈军工”时期海军工程系的海道测量与领航设备教研室和舰船电气设备教研室到1970年的自动控制系，再到1998年由原自动控制系、航天工程系导弹控制专业和系统工程研究室组建成立自动化学院。

培养具有坚实理论基础和科学研究能力，具有自动化工程及相关学科领域的基本知识和基本技能，能运用所掌握的理论知识和技能，从事国民经济、国防和科研部门的运动控制、工业过程控制、检测与自动化仪表、电力电子技术、电子与计算机技术、信息处理、管理与决策、现代集成制造等领域工作的高级工程技术人才。