现存鱼类分为软骨鱼系和硬骨鱼系两大类。

软骨鱼系，终生无硬骨，内骨骼由软骨构成。体表大都被楯鳞。鳃间隔发达，无鳃盖。

硬骨鱼系，骨骼不同程度地硬化为硬骨。体表被硬鳞、圆鳞或栉鳞，少数种类退化无鳞。皮肤的粘液腺发达。鳃间隔部分或全部退化，鳃不直接开口于体外，有骨质的鳃盖遮护，从鳃裂流出的水，经鳃盖后缘排走，多数有鳔。