EM菌为一种混合菌一般包括光合菌、酵母菌、乳酸菌等等有益菌类。可用于食品添加，养殖病害防治，土壤改良、生根壮苗、污水治理等等。

由大约80种微生物组成，EM菌由日本琉球大学的比嘉照夫教授1982年研究成功，于80年代投入市场。EM菌是以光合细菌、乳酸菌、酵母菌和放线菌为主的10个属80余个微生物复合而成的一种微生物菌制剂。

作用机理是形成EM菌和病原微生物争夺营养的竞争，由于em菌在土壤中极易生存繁殖，所以能较快而稳定地占据土壤中的生态地位，形成有益的微生物菌的优势群落，从而控制病原微生物的繁殖和对作物的侵袭。是生态农业的发展方向，更有利于农业的可持续发展。80年代末90年代初,EM菌已被日本、泰国、巴西、美国、印度尼西亚、斯里兰卡等国广泛应用于农业、养殖、种植、环保等领域，取得了明显的经济效益和生态效益。

有效微生物是EMResearchOrganization，Inc的富含碳水化合物的液体载体基质中常见的主要是厌氧微生物的各种混合物，全世界都在研究EM对农作物的功效。