参考文献不会参与到论文重复率检测中的。将论文提交到查重系统进行检测时，系统便会自动去识别目录和参考文献，并将这部分剔除掉，不参与到正文的重复率检测。提交论文的时候，不用手动去删除这部分内容，可以将所有的文档内容一起提交到系统检测查重，这样检测得到的结果才会准确。

如果发现论文当中的参考文献甚至是目录等部分都被标红了，主要原因是所提交的论文格式不规范，论文当中的脚注并非自动插入，参考文献的格式设置等有问题，这样就会导致本不该参与检测的内容会被当成正文内容参与到检测中，这时只需要按照正确的论文格式去重新编辑下就行。