军机处原并非国家正式机关，清《会典》只称“办理军机处”，无公署，办公的地方不称衙署，仅称“值房”。

军机大臣的值房称为“军机堂”，开始仅有板屋几间，后来才改建瓦屋，军机章京的值房，最初有屋一间半，后来才有屋五间。

可见，军机处建立初始是临时性质的机构，雍正，乾隆两朝会典，均未列军机处。

虽如此，自雍正七年设军机处以来，除乾隆初中断两年外，就一直是独立于议政王大臣会议，内阁之外的一个常设机构。

至嘉庆修会典时，始把军机处列为正式机关。