燕窝中的主要营养成分是蛋白质。其中有1种必需氨基酸(赖氨酸)，3种条件性必需氨基酸，而人体需要的必需氨基酸有8种，条件性必需氨基酸有13种。

燕窝中的蛋白质含量较高，但与其品种关系紧密，试验选用的马来西亚金丝燕燕窝，其含量达50.26%。燕窝中的氨基酸种类丰富，富含苯丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、酪氨酸和精氨酸等。燕窝中的水解氨基酸含量达42．272%，且必需氨基酸含量占氨基酸总量的42%。唾液酸又称燕窝酸，是燕窝主要的生物活性成分，在燕窝中主要以N一乙酰神经氨酸形式存在。据报道，一般燕窝的唾液酸含量可达7%以上，这也是初步鉴定真假燕窝的手段。