非等位基因就是位于同源染色体的不同位置上或非同源染色体上的基因。主要包括：互补基因、异位显性基因、累加基因、修饰基因、抑制基因、调节基因、微效多基因等。

互补基因：若干非等位基因只有同时存在时才出现某一性状，其中任何一个发生突变时都会导致同一突变型性状，这些基因称为互补基因。

异位显性基因：影响同一性状的两个非等位基因在一起时，得以表现性状的基因称为异位显性基因或称上位基因。

累加基因：对于同一性状的表型来讲，几个非等位基因中的每一个都只有部分的影响，这样的几个基因称为累加基因或多基因。

修饰基因：本身具有或者没有任何表型效应，可是和另一突变基因同时存在便会影响另一基因的表现程度的基因。

抑制基因：一个基因发生突变后使另一突变基因的表型效应消失而恢复野生型表型，称前一基因为后一基因的抑制基因。

调节基因：一个基因如果对另一个或几个基因具有阻遏作用或激活作用则称该基因为调节基因。

微效多基因：影响同一性状的基因为数较多，以致无法在杂交子代中明显地区分它们的类型，这些基因统称为微效多基因或称多基因。