分子与原子的根本区别是在化学变化中，分子可以再分，原子不可分。

分子是独立存在而保持物质化学性质的最小粒子，由组成的原子按照一定的键合顺序和空间排列而结合在一起的整体，这种键合顺序和空间排列关系称为分子结构。由于分子内原子间的相互作用，分子的物理和化学性质不仅取决于组成原子的种类和数目，更取决于分子的结构。

原子构成化学元素的基本单元和化学变化中的最小微粒，即不能用化学变化再分的微粒，由原子核和绕核运动的电子组成。原子构成一般物质的最小单位，称为元素。已知的元素有119种。因此具有核式结构。