但是同济的选课网，仍然存在着不足之处。每个学期每当选课高峰来临，该网服务器往往不堪重负。很多同学就是因为在选课期间一窝蜂地挤进该选课网，导致服务器系统多次出现瘫痪及无法使用情况。结果使得很多学生在每学期的选课时，没能选上自己想选的有关课程，眼睁睁地看着自己喜欢的各类课与自己程擦肩而过。每年因为这种选课方法以致选课不当，或没有留意选课网上发布的有关教务教学等安排和通知的信息，而导致延误课程、考试、其他有关活动，甚至挂科的同学仍有一小部分。相当可惜。但是出现这种情况，作为同济大学教务科是应负相当责任的。于是为确保同济大学所有学生在选课期间能够顺利并成功地完成选课程序，教务科安排了有关工作人员在工作日的上班时间（周一至五8：00—11：30，13：30—5：00）里为每一位遇到选课问题的学生即时答疑，实时解难。同学们在遇到困难或有关问题时，应及时地与教务科联系。在同济大学校园网内的同学还能够通过IP地址直接对同济大学选课网进行访问。从2012-2013学年第2学期开始，同济大学已采用新的本研一体化教务系统进行选课，原选课网的选课功能已经关闭。由于新网试用不久，一些功能还未跟上，目前还处于新老网站共用的过渡期，预计不久的将来教务事务就将全部转移至新网，而原选课网也将完成其使命。另外现在体育选课也可在统一的选课系统中操作，不必单独选课，以往体育与其他课程重叠的问题将不再会出现。