1、设立依据不同：独立学院是按照教育部行政规章设立的，而民办高校则是按照民办教育促进法设立的。

2、举办方不同：独立学院的举办方一定是普通高校，合作方是社会力量。而民办则只有社会力量作为举办者，这是区分两者的最简单的一点。

3、办学层次不同：独立学院一定是本科，而民办高校专本科都有。

4、毕业证书不同：民办就是有自己的校名，自己组织机构，自己的师资，自己的校园，自己独立颁发毕业证书。而独立学院毕业证书上加盖的是某某大学某某学院印章，而学校本部学生的毕业证书只盖有学校校名印章。