甜酒曲主要用于制作甜酒酿，在甜酒酿制作过程中，甜酒曲是主要的发酵制剂。甜酒曲是糖化菌及酵母制剂，其所含的微生物主要有根霉、毛霉及少量酵母。甜酒曲用于调料发酵，主要是利用甜酒曲中根霉极强的糖化性能。

甜酒酿是米酒曲的最初产品，它是各类酒类制作的雏形，除了食用外，还有两种用途，一是作为料酒使用，如川式火锅，豆瓣酱中添加；二是制作馒头，如河南周口的米酒馒头、浙江金华的米酒馒头。