复旦大学生物医学研究院始建于2004年3月，是国家985二期工程建设的科技创新平台。

研究院的宗旨是：“健康上海人，欢乐中国人”。研究院遵循“章鱼模式”发展，建设人才聚集高地、领衔大项目高地和做一流研究高地。研究院以“转化医学”为目标，积极推动复旦大学生命科学与医学的有机结合，建立基础科学与临床需求的紧密联系。

机构设置：生物医学研究院实行平台管理委员会领导下的首席科学家负责制，管理上遵循国际通用的PI管理模式。研究院配置了国际先进的科研设备，创建了独特的共享体制。机制上采用灵活的方式与各院系和附属医院进行共建。研究院下设九个研究所中心。即：基因组学与表观基因组学研究所、蛋白质组学与系统生物学研究所、药物学与结构生物学研究所、发育生物学与出生缺陷研究所、干细胞与组织工程研究所、心脑血管疾病研究中心、癌症研究中心、病理研究中心、传染病与公共卫生研究中心。