目前国内没有权威的大学排行榜单，按艾瑞深中国校友会大学排行榜公布的数据看，南通大学2021年全国排名第181位。

按武书连大学排行榜看，南通大学2021年全国排名第108位。

按软科排名版大学排行榜看，南通大学2020年全国排名第146位。

按USNews中国大学排行榜看，南通大学2021年全国排名第192位。