碑亭巷校区位于南京市玄武区碑亭巷51号，震旦校区位于南京市玄武区小卫街10号。

南京市第九中学又名东南大学附属中学，是江苏省重点中学，国家级示范高中。南京市第九中学创建于1925年，前身是上海震旦大学预科学校，文革前学校即成为江苏省16所重点中学之一，1959被评为全国文教社会主义建设先进单位，出席全国文教群英会。根据2016年4月学校官网显示，学校有两个校区，校园面积102亩，碑亭巷校区42亩、震旦校区60亩，共有46个教学班，在校生2200名，教职工230人。