在质谱图中，横坐标表示离子的质荷比值，从左到右质荷比的值增大，对于带有单电荷的离子，横坐标表示的数值即为离子的质量；纵坐标表示离子流的强度，通常用相对强度来表示，即把最强的离子流强度定为百分之百，其它离子流的强度以其百分数表示，有时也以所有被记录离子的总离子流强度作为百分之百，各种离子以其所占的百分数来表示。相对分子质量由质谱图的离子质量的横坐标和各种离子所占的百分数的纵坐标确定。