巴斯德的鹅颈瓶实验的问题有：

1、巴斯德的鹅颈瓶实验探究的问题是肉汤变质是否由空气中细菌引起；

2、巴斯德提出问题后，根据已有的知识和生活经验对问题的答案作出假设，即肉汤变质是由空气中细菌引起的；

3、在巴斯德制订的计划中，鹅颈瓶防止空气中的细菌进入；

4、巴斯德最后得出的结论是验证的假设成立，所以得出结论，肉汤变质是由空气中细菌引起的。