南京的博物馆有：南京博物院、南京地质博物馆、南京古生物博物馆、南京长风堂博物馆、中国近代史博物馆、南京民俗博物馆、南京市明城垣史博物馆、南京云锦博物馆、南京古生物博物馆、江苏省博物馆、明孝陵博物馆、南京孝陵博物馆、金陵文化博物馆、六合博物馆、南京中华指纹博物馆、中华农业文明博物馆、桥梁博物馆、溧水博物馆、高淳博物馆、百家湖博物馆、南京古生物博物馆、气象历史博物馆、南京龟鳖自然博物馆、南京雨花茶艺博物馆、南京大学校史博物馆、南京民间抗日战争博物馆、太平天国历史博物馆等。