磁力泵的工作原理是电机通过磁场的作用带动磁力泵的外磁转子与内磁转子连接，带动磁力泵的叶轮运转。当磁力泵充满液体时，通过电机的高速运转带动叶轮不断吸入液体，并在旋转的过程中排出吸入的液体。叶轮使液体在泵中旋转。这样不断做功，介质在压力和速度能的作用下产生离心力。这样，在离心力的作用下，液体沿着叶轮转轮从叶轮中心被甩向四周，然后经过泵壳排出管道，从而将介质输送到最终目的地。

磁力泵的磁力驱动是在普通离心泵的基础上应用的。它和所有磁力传动原理一样，是利用磁铁能吸引铁磁性物质和磁铁或磁场之间存在磁力(而非铁磁性物质不影响或很少影响磁力)的特性，通过非磁性导体(隔离套)无接触地传递动力。这种驱动装置叫做磁力联轴器。

电机联轴器与外磁钢连接，叶轮与内磁钢连接。外磁钢和内磁钢之间设有全密封隔离套，将内磁钢和外磁钢完全隔离，使内磁钢处于介质中。电机的转轴通过磁钢之间磁极的吸引直接带动叶轮同步旋转，从而达到输送介质的目的。

磁隔离泵的定子和转子完全隔离，完全避免了传统无刷DC电动泵的漏液问题。而且可以完全浸没并防水，有效延长了泵的使用寿命和性能。