等位基因也叫对偶基因，是指位于一对同源染色体相同位置上控制同一性状不同形态的基因。等位基因控制相对性状的显隐性关系及遗传效应，可将等位基因区分为不同的类别。

在个体中，等位基因的某些形式可以比其他形式表达更明显。

另外，等位基因各自编码蛋白质产物，决定某一性状，并可因突变而失去功能。此外，等位基因之间存在相互作用。

当一个等位基因决定生物性状的作用强于另一等位基因，并使生物只表现出其自身的性状时，就出现了显隐性关系。作用强的是显性，作用被掩盖而不能表现的为隐性。