1、故事分为两大部分。

2、《EXTRA》篇是主人公白银武和青梅竹马的鉴纯夏、突然转入的御剣冥夜以及同班同学们之间的学园剧。

3、在《UNLIMITED》篇，某天，醒来的主人公进入了价值观很大不同的世界。

4、UNLIMITED》篇是描写在那个世界生活的故事。

5、 2001年10月22日，身为普通高中生的男主角细银武一觉醒来，发现自己进入了一个平行世界。

6、在这个平行世界里，地球人数十年来都与带有敌意的外星生命体“BETA”苦战着;而他就置身于因此而荒废的柊町(主角家乡，位于日本横滨)。

7、在这个一切都改变了的世界重新出发的武加入了联合**，并参与了对抗BETA的最后手段，拯救人类的“ALTERNATIVE4”计划。

8、为此他成为联合**卫士(巨大人型兵器“战术机”的驾驶员)并和伙伴们一起努力。

9、但到了12月24日，人类放弃了最后的奋斗而启动了放弃地球的“ALTERNATIVE5”计划。

10、(到此为止是前作“Muv-Luv”UNLIMITED篇的剧情) 而在此三年后，睡醒时发现再次置身于自家卧室的武，以为自己已经回到“原来的世界”，然而户外的景象却和三年前相同。

11、日历上的日期是2001年10月22日。

12、武发现自己经过时间跳跃又一次来到了充满战乱的平行世界，而在此，他决定以唯一知道这个世界的未来的人类的身分，为了完成“ALTERNATIVE4”计划而再次敲开联合**横滨基地的大门。

13、再次被编入207实验部队的武，带着3年之间的军事经验和未来的记忆，以及不输给伙伴们的觉悟，再次迎向挑战。

14、分为正传和外传。

15、其实也不用纠结外传的结局，有正传的结局摆着，反正到最后都要悲剧。

16、外传里的主角肯定没人能上太空船，即时女主篁回国没有被狙，猩红姐妹没发疯，到最后还不是要留在地球，结果和正传里留守地球的人一起悲剧。