1、运营时间不同，珠海北站：珠海北站2009年开工建设；2011年1月7日投入使用。珠海站：珠海站创办于2009年；2011年4月开工建设；2012年12月31日正式开通运营。

2、地理位置不同，珠海北站：珠海北站位于珠海市香洲区金顶镇金凤北路。珠海站：珠海站位于珠海市香洲区拱北街道昌盛路5号。

3、不同建筑面积，珠海北站：珠海北站站厅建筑面积2500平方米，无柱雨棚结构投影面积7500多平方米。车站共两层，一层为站厅及设备间，二层为站台。珠海站：珠海站总建筑面积69488.44平方米。珠海站主楼共四层，地下一层和地下二层分别为出租车站场和社会停车位。地下换乘中心设有6个车商出入口。一楼是售票候车大厅，二楼是公交站台。