1、权利的大小不同。

日本是君主立宪制的国家，天皇只是虚位元首，没有实权，实权掌握在由议会产生的责任内阁手里，而作为内阁总理大臣的首相是掌权者。

2、产生的方式不同。

日本天皇是继承制，在一个家族世袭，而日本首相是由议会选举产生责任内阁，内阁总理大臣即为首相。

3、它们的含义不同。

日本天皇是日本皇帝的称号，相传为日本神话中的创世之神天照大神的后裔，也是神道教最高领袖，日本国家象征。从日本神话神武天皇到现在明仁天皇共125代。而日本内阁总理大臣，简称日本总理大臣、日本总理，通称日本首相，是日本内阁的最高首长，也是日本国***首脑，领导各行政机关运作。