原因可能有三点：

一、秦桧秉持宋高祖旨意。

当时金兵南下，南宋在面对金兵的攻势下节节败退，不仅是打输了，而且是打怕了，宋高祖由于有过被金国俘虏的经历，对金人可以说是怕到了骨子里。一直阻挠与金人求和的岳飞变成了宋高祖眼中的钉子，岳飞打的胜仗越多，宋高祖便越害怕金人的怒火会再次降临在自己身上，于是秦桧便成了宋高祖手中的一把刀，并承载了千古骂名。

二、文臣与武臣之间的争斗。

当时正值乱世，需要武将维护江山社稷，文臣的势力节节败退，当以岳飞为首的武将打了胜仗班师回朝时，以秦桧为首的文臣地位绝对会受到实际的威胁和动摇。在宋朝这样一个以文治国的朝代，这种局面无疑是秦桧所不能接受的，他需要给武将一个下马威，而岳飞就是首当其冲的靶子。

三、讨好金国，以示诚意。

当时南宋对金政策除了议和还是议和，让金国吃了那么多败仗的岳飞是南宋议和路上最大的绊脚石，如果只是单单阻止岳飞北伐，却不能成功议和，那么与宋朝的对峙政策还是相违背的，所以只有除掉岳飞才能够让金国放下戒备，议和才能顺利进行。当然岳飞被害之后，绍兴和议也顺理成章地达成了。