1、分子筛效应：当含有多个分子成分的样品溶液缓慢流过凝胶柱时，每个分子同时以两种不同的方式运动，垂直向下运动和非定向扩散运动。大分子由于直径较大，不易进入凝胶颗粒的微孔，而是分布在颗粒之间，洗脱时移动较快。

2、除了在凝胶颗粒之间的间隙中扩散，小分子还可以进入凝胶颗粒的微孔，即进入凝胶相。在向下运动的过程中，它们从一个凝胶扩散到颗粒之间的空隙，然后进入另一个凝胶颗粒，这样不断进入和扩散。所以小分子的向下运动速度比大分子慢，这样样品中大分子先流出色谱柱，中间分子后流出，最小分子最后流出。这种现象叫做。