限制性核酸内切酶是可以识别特定的核苷酸序列，并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶，简称限制酶。根据限制酶的结构，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是第一型、第二型和第三型。第一型限制性内切酶既能催化宿主DNA的甲基化，又催化非甲基化的DNA的水解。第二型型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解。第三型限制性内切酶具有修饰及认知切割的作用。