科学院院士与工程院院士在特点、方向、性质上都有不一样的地方。

特点上不一样：科学院在全国各地都是有分院的，而工程院是分散在全国各地的，每个单位都有工程院院士，而科学院院士是有特定的领域的，也有大学。

方向上不一样：科学院院士主要是研究理论，是给中国各地的重点的综合大学还有科技大学进行培养以及熏陶，而工程院院士更注重实践，主要是培养理工科的大学和进行大量的技术实践来成长。

性质上不一样：科学院院士最高的学术称号是有关于科学技术的，而工程院院士的最高学术称号是关于工程技术的。