马尼拉只有一个港口，名为马尼拉港。

马尼拉港有南港、北港及国际集装箱3个港区，主要码头泊位有26个，马尼拉国际集装箱码头是马尼拉港的主要码头。马尼拉港位于菲律宾吕宋岛西南沿海巴石河口两岸，濒临马尼拉湾的东侧，是菲律宾最大的海港。它是菲律宾的首都和全国政治、经济、文化和交通中心。马尼拉港是菲律宾的国门，但是其地理位置在全球东西向主干航线或者南北向主干航线上并不享有显赫的地位。因此，马尼拉作为一座国际集装箱枢纽港的潜力非常有限。