杭州站与杭州东站主要区别在于位置不同、车站性质不同、成立时间不同。

1、所在地区不同：杭州站是指城站，在下城区，杭州东是指火车东站，在江干区。

2、车站性质不同：杭州东站（高铁站、枢纽站、中转站）；杭州站（客货站、高铁、普铁站）。

3、成立时间不同：杭州站始建于1906年11月14日（清光绪三十二年），时称清泰门站，是杭州建成最早的火车站之一。先后历经一次迁址，三次重建。1999年12月28日，第三次重建后的杭州站正式投入使用。杭州东站始建于1992年4月1日，于2008年12月27日进行改扩建。2013年7月1日，改建后的杭州东站正式投入运营。2014年1月1日，杭州东站西广场投入使用。