九寨沟海拔3000米。九寨沟自然保护区地势南高北低，山谷深切，高差悬殊，区北缘九寨沟口海拔仅2000米，中部峰岭均在4000米以上，南缘达4500米以上，主沟长30多公里。峰顶和两侧山峰基本终年积雪。

九寨沟地处青藏高原向四川盆地过渡地带，地质背景复杂，碳酸盐分布广泛，褶皱断裂发育，新构造运动强烈，地壳抬升幅度大，多种营力交错复合，造就了多种多样的地貌，发育了大规模喀斯特作用的钙华沉积，以植物喀斯特钙华沉积为主导，形成九寨沟艳丽典雅的群湖，奔泻湍急的溪流，飞珠溅玉的瀑群，古穆幽深的林莽，连绵起伏的雪峰。