1、贸易方面：进料加工是出口企业用外汇从国外购进原材料，经生产加工后复出口的一种贸易方式。来料加工是由外商提供一定的原材料或技术设备，出口企业根据要求进行加工装配，将成品出口收取加工费的一种贸易方式。

2、风险方面：进料加工使用外汇占用周转资金，承担着出口货物质量与国外销售的风险。来料加工不占用资金，也不考虑销售存在的风险。

3、物权方面：进料加工拥有产品的所有权，出口企业与外商是买入与卖出的交易关系。来料加工不拥有产品的所有权，出口企业与外商之间是受托与委托的协议关系。

4、税收方面：进料加工自营或委托代理出口的货物生产企业增值税执行“免、抵、退”税办法，其应税消费品免征消费税。外贸企业增值税执行“免、退”税办法，其应税消费品退还消费税。来料加工出口货物实行免征增值税、消费税办法，加工企业取得的工缴费收入免征增值税、消费税，出口货物所耗用国内原料支付的进项税额不得抵扣，转入生产成本，其国内配套的原材料已征税款也不予退税。