烟曲霉一般存在于空气中，并不存在于食物上，在湿度大的环境中，物体极易受潮发霉，繁殖大量的霉菌，其中就烟曲霉，不仅使物体发出难闻的味道，而且使用后可能会导致某些肿瘤的发生。

烟曲霉为致病菌能引起人、畜和禽类的肺曲霉病及其他疾病。侵染棉铃和苹果等，引起果实腐烂，或寄藏于种子上。