郭芙砍掉杨过手臂的原因是：

郭芙一直对杨过有恨意，武林大会，杨过当着所有人的面拒婚，让她无地自容。并且杨过一直不像大武小武那样对她千依百顺所以郭芙一直气愤杨过。

后来砍断杨过手臂是杨过出于好意怕大小武手足相残，骗了武氏父子3人，说郭芙已经许配给了他，武三通信以为真，临去绝情谷之前见到郭芙说要喝郭芙和杨过的喜酒，并且大小武对郭芙也不再纠缠，使得郭芙把愤怒的矛头直接指向杨过。郭芙就质问杨过骗大小武许配杨过的事，认为那是对她这个女儿家的莫大的侮辱。杨过解释清楚了之后，郭芙还是不依不饶，杨过便打了郭芙一巴掌，郭芙从没挨过巴掌，盛怒之下就拿把淑女剑砍向杨过，杨过当时想起小龙女一动情便情花毒发作，一剑下来无法躲避，就下意识的用右臂挡了下来，他的右臂就因此被砍断。