巢湖管理局是专设治理中国五大淡水湖之一巢湖的管理机构。2011年8月安徽省正式宣布撤销巢湖市，并对原地级巢湖市所辖的一区四县行政区划进行相应调整，将中国五大淡水湖之一巢湖主要流域集中于合肥市，并设立安徽省巢湖管理局，对巢湖进行统一规划、统一治理、统一管护，旨在实现对巢湖的综合治理，促进巢湖流域的生态保护。